Greenpeace ha anunciado mediante una nota de prensa que se ha personado en los tribunales contra el proyecto de construcción de las dos nuevas sedes del Museo Guggenheim en Urdaibai al considerar que «se está incumpliendo la Ley de Costas».La ONG ha argumentado que «las instalaciones se construirían a 20 metros de las marismas de Urdaibai, una zona protegida por su gran valor ecológico».
En cuanto al proyecto, Greenpeace ha recordado que plantean construir dos sedes «ubicadas en terrenos ganados a la marisma que gozan de protección internacional». La ONG ecologista ha reclamado «la obligación de mantener un alto estado de conservación de la zona».
Por último, Greenpeace considera que el proyecto ignora todas las figuras de protección, es mas, creen que es totalmente ajeno a la «defensa del dominio público marítimo terrestre». Asimismo, desde la organización ecologista esperan que «el ministerio dé un paso atrás y retire esta Orden Ministerial que incumple la Ley de Costas».